ник: osmor
создате запрос на выборку тех данных которые Вы хотите оставить и сделайте из него запрос на создание таблицы.
затем создайте запрос на удаление из основной таблицы тех данных которым нет соответсвующих во временной таблице связав по 3-м полям (2 поля индек+"супер_число")
Фраза "В таблице много записей котрые по первичным ключам идентичны. " - не имеет смысла, ключевое поле (или совокупность полей) - уникально, если это не так - это не ключевое поле