ник: osmor
самое сложное это определить изменившиеся 
а все остальное просто.
Испорт в базу С (docmd.transferdatabase)
удаление таблиц из базы A (db.TableDefs.Delete "ИмяТаблицы" или Connection.execute "Drop table имятаблицы"
Экспорт из С в Б (docmd.transferdatabase)